Ο Άγιος Σπυρίδωνας είναι ο πολιούχος άγιος του χωριού Μαγουλά και γιορτάζεται στις 12 του Δεκέμβρη. Η εκκλησία αυτή είναι, επίσης, δίκλιτη, αφού φιλοξενεί και τους Αγίους Πάντες, ενώ βρίσκεται αρκετά κοντά στον επαρχιακό δρόμο και είναι προσβάσιμη τόσο με αυτοκίνητο όσο και με τα πόδια. Σε αυτό το ναό τελούνται όλες οι θρησκευτικές λειτουργίες του χωριού ενώ αποτελεί τον κύριο χώρο συγκέντρωσης των κατοίκων.
Η εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα έχει αλλάξει σε διάστημα 300 χρόνων 4 κτίσματα αλλά η πρότερη οικοδόμησή της υπολογίζεται ότι έγινε πριν την άφιξη των Ενετών στο Λασίθι (1300 μ.Χ). Ο πρώτος γνωστότερος ναός (προ του 1800) ήταν ένα πολύ μικρό και χαμηλό οικοδόμημα, το οποίο δυσκόλευε τους χριστιανούς να τελέσουν τα θρησκευτικά τους καθήκοντα. Οι κάτοικοι του χωριού όμως πίεσαν τον τότε Τούρκο διοικητή Χανιαλή να τους αφήσει να φτιάξουν μια μεγαλύτερη εκκλησία. Tελικά ο ίδιος εξέδωσε φιρμάνι, το οποίο τους επέτρεπε το έργο αυτό αλλά η διορία κατασκευής ήταν υπερβολικά μικρή. Οι χριστιανοί, όμως που μαζεύτηκαν τόσο από το Μαγουλά όσο και από τα γύρω χωριά ήταν τόσοι πολλοί, που λέγεται ότι από τη θέση Πετροκοπιό της ορεινής περιοχής του Κλώρου μέχρι το Μαγουλά, έδιναν ο ένας τον άλλο τις πέτρες για να προλάβουν να τελειώσουν έγκαιρα την εκκλησία. Σύμφωνα με μια πέτρινη επιγραφή που αναγράφει 1810, τότε πραγματοποιήθηκε η δεύτερη ανοικοδόμηση του ναού.
Μετέπειτα, στη Μάχη του Λασιθίου κατά των Τούρκων το 1867, ο Άγιος Σπυρίδωνας πυρπολύθηκε και μόνο έπειτα από αρκετά χρόνια ο ναός ξαναφτιάχτηκε με μέριμνα του τότε οπλαρχηγού Ντολαψο-Ζαχάρη αποκτώντας νέο κωδωνοστάσιο.
Εν έτει 1939, αποφασίστηκε και ξεκίνησε ο σχεδιασμός μιας μεγαλύτερης εκκλησίας του Αγίου Σπυρίδωνα. Για το έργο αυτό, οι κάτοικοι για αρκετά χρόνια προσπάθησαν να συγκεντρώσουν χρήματα με εράνους πηγαίνοντας σε πόλεις και χωριά. Τελικά η νέα εκκλησία θα ολοκληρωθεί το 1959 αποκτώντας μαζί και δικό της προαύλιο.